Bepaalde auto-immuunziekten kunnen verband houden met een disfunctie van het autonome zenuwstelsel. Auto-immuunziekten ontstaan wanneer het immuunsysteem van het lichaam de eigen weefsels aanvalt, waaronder het zenuwstelsel. Ontsteking door deze ziekten kan het probleem verergeren.

Eenvoudige activiteiten die de nervus vagus stimuleren kunnen de ontsteking verminderen en de symptomen van mensen met auto-immuunziekten verbeteren. De nervus vagus is een essentieel onderdeel van het autonome zenuwstelsel. Het autonome zenuwstelsel bestaat uit twee delen: het sympathische zenuwstelsel (“vecht of vlucht”) en het parasympathische zenuwstelsel (“rust en vertering”).

Wanneer het sympathische zenuwstelsel gedurende lange perioden geactiveerd is, het ontstekingen en de aanmaak van reactieve moleculen die gezonde cellen beschadigen. Dit draagt bij aan ziekten zoals lupus en reumatoïde artritis. Mensen met deze aandoeningen vertonen vaak tekenen van een overheersing van het sympathische zenuwstelsel of een stoornis van het parasympathische zenuwstelsel.

Dit komt meestal in een lage hartslagvariabiliteit (HRV). HRV is de variatie in de tijdsintervallen tussen de hartslagen. Een HRV duidt meestal op een hoge vagale tonus en een gezond zenuwstelsel, waarbij het lichaam goed kan reageren op stress en herstel.

Een lage HRV daarentegen wijst erop dat het lichaam moeite heeft om zich aan te passen aan stress en in een onevenwichtige toestand verkeert. Deze onevenwichtige toestand kan .